秘書局負責協調機關日常工作；承辦文電、秘書、會議、通信、信息工作；負責檔案、報刊、圖書資料工作；編輯刊物；負責機關財務、房產、基本建設、物資設備、環境秩序管理及后勤服務的規劃、協調與監督，承辦重要活動會務、接待工作，負責赴臺審批辦理工作，聯系各地各部門涉臺機構。