綜合局負責承辦海峽兩岸關系協會的日常工作。負責并協調有關部門與臺灣當局授權的團體和人士進行協商談判；負責并歸口管理與臺灣海峽交流基金會的聯系事宜；協調指導有關部門和地方處理涉臺突發事件和兩岸雙向遣返及有關問題；按照《海協會章程》，開展與島內、海外團體和人士的聯系與合作。管理臺屬及臺胞捐贈工作。